L'Unécof est composée de plusieurs instances :

L'Assemblée générale : elle est composée d'un représentant effectif et d'un représentant suppléant de chaque CE membre de l'Unécof ainsi que des membres du Conseil d'administration. L'Assemblée a pour rôle de développer des débats à propos de l'enseignement supérieur et d'arrêter des positions politiques de l'association.

Le Conseil d'administration : il est composé de trois administrateurs au minimum, étant entendu que le nombre d'administrateurs sera toujours inférieur au nombre de CE affiliés à l'Unécof. Le Conseil possède les pouvoirs les plus étendus pour accomplir les actes d'administration et de gestion de l'association. Il est également compétent pour toutes les prises de positions de l'association qui doivent se faire dans l'urgence ou qui sont tributaires de l'actualité.

Le Staff : présent à Bruxelles et à Liège, il est composé de "permanents (c'est-à-dire des professionnels rémunérés par des subsides accordés à l'ASBL). Le Staff soutient les étudiants et les informe toute l'année sur l'ensemble des problématiques les concernant.